Data wdrożenia obowiązkowego KSEF u lekarzy weterynarii

OD 1 LUTEGO 2026 R. ZASADĄ STANIE SIĘ WYSTAWIANIE FAKTUR ZA POMOCĄ KSEF. JEDNAK U WIĘKSZOŚCI LEKARZY
WETERYNARII OBOWIĄZEK TEN ZOSTANIE ODROCZONY, NAJCZĘŚCIEJ DO 1 KWIETNIA 2026 R.

W obecnym stanie prawnym wystawianie faktur ustrukturyzowanych przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur jest dobrowolne. Jest to tzw. KSeF 1.0. Od 1 lutego 2026 r. wejdą w życie nowelizacje ustawy o VAT wprowadzające obowiązkowe faktury ustrukturyzowane (tzw. KSeF 2.0 i zasadą stanie się wystawianie faktur przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF).

Uwaga: Faktura ustrukturyzowana to faktura wystawiona przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur wraz z przydzielonym numerem identyfikującym tę fakturę w tym systemie (zob. art. 2 pkt 32a ustawy o VAT). Definicja ta nie ulega zmianie z dniem 1 lutego 2026 r.

Od 1 lutego 2026 r., stosownie do art. 106g ust. 1 ustawy o VAT, podatnicy są obowiązani wystawiać faktury ustrukturyzowane przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur. Oznacza to, że dotychczasowy obowiązek wystawiania faktur będzie, co do zasady, realizowany przy użyciu KSeF (za wyjątkiem ściśle określonymi w przepisach).

Należy podkreślić, że na obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych nie ma znaczenia okoliczność, że podatnik (sprzedawca) jest zarejestrowany jako podatnik VAT czynny lub korzysta ze zwolnienia z podatku VAT. Zarówno lekarze weterynarii (w tym spółki weterynaryjne) zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni, jak i lekarze weterynarii korzystający ze zwolnienia z podatku VAT (np. zwolnienia podmiotowego) zobowiązani będą, co do zasady, wystawiać faktury ustrukturyzowane za pomocą KSeF od 1 lutego 2026 r.

Uwaga: Obowiązek wystawiania, co do zasady, faktur ustrukturyzowanych przy użyciu KSeF będzie dotyczył również:
• faktur wstawianych w ramach tzw. „samofakturowania” (zob. art. 106d ust. 1 ustawy o VAT), kiedy to fakturę wystawia nabywca, o ile posiada status podatnika VAT lub jest osobą prawną, w imieniu i na rachunek sprzedawcy,
• faktur wystawianych w imieniu i na rzecz podatnika (np. lekarza weterynarii – sprzedawcy) przez osoby trzecie, np. komornika sądowego – w przypadku sprzedaży egzekucyjnej (zob. art. 106c ustawy o VAT) lub biuro rachunkowe na podstawie udzielonego pełnomocnictwa (zob. art. 106d ust. 2 ustawy o VAT).

Wyłączony obowiązek wystawienia faktury ustrukturyzowanej

Od zasady, że podatnicy wystawiają faktury ustrukturyzowane przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur (tzw. KSeF), ustawodawca wprowadza jednak pewne wyjątki (wskazane poniżej w tabeli). Wyjątki te należy podzielić na dwie grupy. W pierwszej grupie podatnik nie ma obowiązku wystawienia faktury ustrukturyzowanej, ale może ją wystawić. W drugiej grupie podatnik nie ma obowiązku wystawienia faktury ustrukturyzowanej i nie powinien wystawiać faktury ustrukturyzowanej.

Uwaga: W przypadku, o którym mowa w art. 106ga ust. 2 ustawy o VAT, wystawia się faktury elektroniczne lub faktury w postaci papierowej (art. 106ga ust. 3 ustawy o VAT). Zatem, jeżeli podatnik nie musi albo w ogóle nie może wystawić faktury ustrukturyzowanej, to wystawia fakturę w postaci papierowej lub fakturę elektroniczną.

W przypadku, gdy podatnik nie ma obowiązku wystawiania faktur ustrukturyzowanych w KSeF, faktura jest udostępniana nabywcy w dowolnej postaci, w uzgodniony z nim sposób, jednocześnie wystawca powinien zachować taką udostępnioną fakturę w swojej dokumentacji.

Obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur	Możliwość wystawienia faktury ustrukturyzowanej fakultatywnie
Przez podatnika nieposiadającego siedziby działalności gospodarczej ani stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium kraju (zob. art. 106ga ust. 2 pkt 1 ustawy o VAT)	W tym przypadku podatnicy mogą wystawiać faktury ustrukturyzowane (zob. art. 106ga ust. 4 ustawy o VAT).
Przez podatnika nieposiadającego siedziby działalności gospodarczej na terytorium kraju, który posiada stałe miejsce prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium kraju, przy czym to stałe miejsce prowadzenia działalności nie uczestniczy w dostawie towarów lub świadczeniu usług, dla których wystawiono fakturę (zob. art. 106ga ust. 2 pkt 2 ustawy o VAT)	W tym przypadku podatnicy mogą wystawiać faktury ustrukturyzowane (zob. art. 106ga ust. 4ustawy o VAT).
Przez podatnika korzystającego z procedur szczególnych, o których mowa w dziale XII w rozdziałach 7, 7a i 9 ustawy o VAT (tj. tzw. procedura nieunijna, szczególna procedura w zakresie świadczenia usług międzynarodowego okazjonalnego przewozu drogowego osób oraz szczególna procedura dotycząca sprzedaży na odległość towarów importowanych), dokumentujących czynności rozliczane w tych procedurach (zob. art. 106ga ust. 2 pkt 3 ustawy o VAT)	W tym przypadku podatnicy nie mogą wystawiać faktur ustrukturyzowanych.
Na rzecz nabywcy towarów lub usług będącego osobą fizyczną nieprowadzącą działalności gospodarczej (zob. art. 106ga ust. 2 pkt 4 ustawy o VAT)	W tym przypadku podatnicy mogą wystawiać faktury ustrukturyzowane (zob. art. 106ga ust. 4 ustawy o VAT).
W przypadku odpowiednio udokumentowanych dostaw towarów lub świadczenia usług, określonych w przepisach wydanych na podstawie art. 106s ustawy o VAT (zob. art. 106ga ust. 2 pkt 5 ustawy o VAT)	W tym przypadku podatnicy nie mogą wystawiać faktur ustrukturyzowanych.
Przez podatnika korzystającego ze zwolnienia, o którym mowa w art. 113a ust. 1 ustawy o VAT (zob. art. 106ga ust. 2 pkt 1 ustawy o VAT)	W tym przypadku podatnicy nie mogą wystawiać faktur ustrukturyzowanych.

Faktury ustrukturyzowane dla osób indywidualnych

W przypadku, gdy nabywcą są osoby fizyczne nieprowadzące działalności gospodarczej (dotyczy to również sytuacji, gdy nabywcą będzie formalnie osoba będąca przedsiębiorcą lub podatnikiem VAT, ale w przypadku danej transakcji występująca jako osoba prywatna), to podatnik (np. lekarz weterynarii) nie będzie zobowiązany do wystawienia faktury ustrukturyzowanej przy użyciu KSeF. W tym przypadku lekarz weterynarii, jeżeli taka osoba zażąda wystawienia faktury, na co ma 3 miesiące, licząc od końca miesiąca, w którym dokonano sprzedaży lub otrzymano zaliczkę podlegającą VAT (zob. art. 106b ust. 3 ustawy o VAT), wystawia fakturę elektroniczną lub fakturę w postaci papierowej.

Fakultatywnie podatnik (m.in. lekarz weterynarii) może wystawiać faktury ustrukturyzowane na rzecz nabywcy towarów lub usług będącego osobą fizyczną nieprowadzącą działalności gospodarczej (zob. art. 106ga ust. 4 ustawy o VAT). Należy jednak podkreślić, że tak jak dotychczas, samowystawienie faktury na rzecz konsumenta będzie wymagało uprzedniego zgłoszenia żądania wystawienia takiego dokumentu przez nabywcę (art. 106b ust. 3 ustawy o VAT). Dotyczy to również sytuacji, gdy podatnik wystawia na rzecz konsumenta fakturę ustrukturyzowaną.

Faktury za usługi weterynaryjne dla rolników

Za pomocą KSeF niewątpliwie będą musiały być wystawiane faktury np. za usługi weterynaryjne lub leki weterynaryjne dla rolników, którzy zrezygnowali ze statusu rolnika ryczałtowego i zarejestrowali się (dla działalności rolniczej) jako podatnicy VAT czynni.

Wydaje się jednak, że również dla rolników ryczałtowych za usługi weterynaryjne lub leki weterynaryjne, które ci rolnicy nabywają na potrzeby prowadzonego gospodarstwa rolnego, powinna być wystawiona faktura ustrukturyzowana. Wyłączenia zawarte w art. 106ga ust. 2 ustawy o VAT nie obejmują bowiem faktur wystawianych na rzecz rolników ryczałtowych. Za zaznaczyć należy, że rolnik ryczałtowy posiada status podatnika VAT, tyle że zwolnionego z podatku na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 3 ustawy o VAT.

Odmienną sytuacją jest przypadek, gdy osoba posiadająca status rolnika ryczałtowego nabywa np. usługi weterynaryjne nie jako rolnik, ale osoba prywatna (dotyczy np. zwierząt domowych). W tym przypadku rolnik ten działa w charakterze osoby fizycznej nieprowadzącej działalności gospodarczej i na jego rzecz może być, ale nie musi, wystawiona faktura ustrukturyzowana.

Przepisy przejściowe

Obowiązkowe faktury ustrukturyzowane zaczną obowiązywać od 1 lutego 2026 r. Jak wynika z art. 13 ustawy z dnia 16 czerwca 2023 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2023 r., poz. 1598; zm.: Dz. U. z 2024 r., poz. 852 oraz Dz. U. z 2025 r., poz. 1203), do czynności, o których mowa w art. 106a ustawy o VAT, dokonanych przed dniem 1 lutego 2026 r., w stosunku do których termin wystawienia faktury upływa po dniu 31 stycznia 2026 r. i dla których w tym terminie nie wystawiono faktury, stosuje się przepisy ustawy o VAT, w brzmieniu obowiązującym od 1 lutego 2026 r.

Oznacza to, że jeżeli podatnik ma obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych już od 1 lutego 2026 r., to wystawiając w lutym 2026 r. fakturę dokumentującą sprzedaż np. ze stycznia 2026 r., będzie zobowiązany wystawić ją jako fakturę ustrukturyzowaną przy użyciu KSeF.

Dla niektórych podatników ustawodawca odroczył w przepisach przejściowych obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych przy użyciu KSeF. Przede wszystkim należy wskazać, że stosownie do art. 145l ustawy o VAT, w okresie od dnia 1 lutego 2026 r. do dnia 31 marca 2026 r. podatnicy obowiązani do wystawiania faktur ustrukturyzowanych mogą wystawiać faktury elektroniczne lub faktury w postaci papierowej, jeżeli łączna wartość sprzedaży wraz z kwotą podatku u tych podatników nie przekroczyła w 2024 roku kwoty 200.000.000 zł.

Z reguły w przypadku przychodni i gabinetów weterynaryjnych (utworzonych przez 1 stycznia 2025 r.) łączna wartość sprzedaży brutto za 2024 r. nie przekroczyła tej kwoty 200 mln złotych. Zatem można przyjąć, że co do zasady, u lekarzy weterynarii (spółek weterynaryjnych) prowadzących te przychodnie i gabinet, obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych rozpocznie się od 1 kwietnia 2026 r.

Należy jednak podkreślić, że nie ma przeszkód, aby podatnicy (m.in. lekarze weterynarii), u których łączna wartość sprzedaży wraz z kwotą podatku nie przekroczyła w 2024 r. kwoty 200.000.000 zł, wystawiali obowiązkowe faktury ustrukturyzowane przy użyciu KSeF (tj. KSeF 2.0) już od 1 lutego 2026 r.

Kolejny przepis przejściowy dotyczy podatników, u których łączna wartość sprzedaży wraz z kwotą podatku u tych podatników udokumentowana tymi fakturami wystawionymi w danym miesiącu jest mniejsza lub równa 10.000 zł. Stosownie do art. 145m ust. 1 ustawy o VAT, w okresie od dnia 1 kwietnia 2026 r. do dnia 31 grudnia 2026 r. podatnicy obowiązani do wystawiania faktur ustrukturyzowanych mogą wystawiać faktury elektroniczne lub faktury w postaci papierowej, jeżeli łączna wartość sprzedaży wraz z kwotą podatku u tych podatników udokumentowana tymi fakturami wystawionymi w danym miesiącu jest mniejsza lub równa 10.000 zł.

Jak czytamy w uzasadnieniu projektu nowelizacji z 5 sierpnia 2025 r.: (…) W przepisie epizodycznym w art. 145o ust. 1 ustawy KSeF dopuszcza się możliwość, w okresie przejściowym, tj. od dnia 1 kwietnia 2026 r. do dnia 31 grudnia 2026 r., wystawiania przez podatników faktur w postaci papierowej lub faktur elektronicznych w sytuacji, gdy łączna miesięczna wartość sprzedaży podlegająca udokumentowaniu fakturami jest mniejsza lub równa 10.000 zł. Przepis ten nie będzie miał zastosowania, jeżeli łączna miesięczna wartość sprzedaży podlegająca udokumentowaniu takimi fakturami jest większa niż 10.000 zł (ust. 2 tego artykułu).

Jeśli nie będzie spełniony ww. warunek, podatnik obowiązany będzie wystawiać e-faktury, począwszy od faktury, którą przekroczono tę wartość. Tym samym, jeżeli w danym miesiącu faktury nie spełnią wskazanego wyżej warunku, podatnik nie może ponownie skorzystać z możliwości wystawiania faktur w postaci papierowej lub faktur elektronicznych. W efekcie w okresie przejściowym tj. do dnia 31 grudnia 2026 r. podatnicy, u których wdrożenie KSeF może być problematyczne, a skala i wartość wystawianych faktur jest niewielka, mogą wystawiać faktury w postaci papierowej lub faktury elektroniczne, zamiast e-faktur. (…)

Uwaga: Podatnik, o którym mowa w art. 145m ust. 1 ustawy o VAT, traci prawo do wystawiania faktur elektronicznych oraz faktur w postaci papierowej, począwszy od faktury, którą przekroczono wartość, o której mowa w art. 145m ust. 1 ustawy o VAT (art. 145m ust. 1 ustawy o VAT).

Dla skorzystania z tej możliwości określonej art. 145m ustawy o VAT ma znaczenie łączna wartość sprzedaży wraz z kwotą podatku udokumentowana fakturami wystawionymi w danym miesiącu, a nie łączna wartość sprzedaży wraz z kwotą podatku, od której w danym miesiącu powstał obowiązek podatkowy. Zatem, jeżeli np. w kwietniu 2026 r. powstał obowiązek podatkowy od czynności o łącznej wartości brutto np. 7.000 zł, ale stosowne faktury zostały wystawione dopiero na początku maja 2026 r., a jednocześnie w maju 2026 r. zostały wystawione faktury dokumentujące sprzedaż z maja 2026 r. np. na łączną kwotę brutto 9.000 zł, to pomimo, że wartość sprzedaży w każdym z tych miesięcy nie przekroczyła kwoty 10.000 zł, to łączna wartość brutto faktur wystawionych w marcu 2026 r. wyniosła 16.000 zł brutto i począwszy od faktury, którą przekroczono tę kwotę 10.000 zł brutto, podatnik musi zacząć wystawiać faktury ustrukturyzowane (oczywiście z zastrzeżeniem ustawowych wyjątków).

Uwaga: Dla zastosowania przepisu przejściowego zawartego w art. 145m ustawy o VAT nie ma znaczenia status podatnik, tj. czy jest to podatnik zarejestrowany jako podatnik VAT czynny, czy podatnik korzystający ze zwolnienia z podatku VAT. Ważna jest tylko miesięczna łączna wartość sprzedaży wraz z kwotą podatku u tych podatników udokumentowana tymi fakturami wystawionymi w danym miesiącu.

Sprzedaż zaewidencjonowana na kasie rejestrującej lub udokumentowana dowodami wewnętrznymi

Należy zauważyć, że art. 145m ust. 1 ustawy o VAT odnosi się do łącznej wartości sprzedaży wraz z kwotą podatku u tych podatników udokumentowanej tymi fakturami wystawionymi w danym miesiącu. Wydaje się zatem, że jeżeli sprzedaż nie jest udokumentowana fakturą, tylko np. paragonem fiskalnym albo dowodem wewnętrznym, to nie bierzemy jej pod uwagę przy obliczaniu tego miesięcznego limitu 10.000 zł. Należy jednak pamiętać, że jeżeli do takiej sprzedaży, tj. udokumentowanej paragonem fiskalnym albo dowodem wewnętrznym, zostałaby wystawiona faktura (np. tzw. faktura FP do paragonu fiskalnego), to w miesiącu jej wystawienia należy ją uwzględnić w tym limicie 10.000 zł. Warto byłoby jednak wystąpić w tym zakresie z wnioskiem o wydanie pisemnej interpretacji prawa podatkowego do Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej.

Lekarze weterynarii, którzy rozpoczęli działalność po 31 grudnia 2024 r.

Proszę zobaczyć, że przepis art. 145l ustawy o VAT odraczający wdrożenie obowiązku wystawienia faktur ustrukturyzowanych do 1 kwietnia 2024 r. odnosi się do wartości sprzedaży za rok 2024 r. Jeżeli zatem podatnik rozpoczął działalność po 31 grudnia 2024 r., a przed 1 lutego 2026 r., to wydaje się, że powstanie u niego obowiązek wystawienia faktur ustrukturyzowanych już od 1 lutego 2026 r. (z zastrzeżeniem art. 145m ustawy o VAT).

Przykład: Podatnik (lekarz weterynarii) rozpoczął działalność gospodarczą 1 marca 2025 r. Łączna wartość sprzedaży za 2025 r. to 900.000 zł. Miesięcznie podatnik wystawia faktur za ok. 12.000 zł. Podatnik będzie zobowiązany do wystawiania faktur ustrukturyzowanych od 1 lutego 2026 r.

Uwaga: Podatnicy rozpoczynający działalność od 1 lutego 2026 r. (np. nowo utworzone gabinety weterynaryjne) od samego początku będą zobowiązane do wystawiania faktur ustrukturyzowanych (z zastrzeżeniem art. 145m ustawy o VAT).

Przepisy przejściowe nie obejmują otrzymywania faktur

Należy mieć na uwadze, że przepisy art. 145l i art. 145m ustawy o VAT odraczają jedynie obowiązek wystawienia faktur ustrukturyzowanych (odpowiednio do 1 kwietnia 2026 r. albo 1 stycznia 2027 r.). Zatem, jeżeli lekarz weterynarii (podatnik) nabędzie towary lub usługi od podatnika, który jest zobowiązany do wystawienia faktur ustrukturyzowanych już np. od 1 lutego 2026 r., to jako podatnik VAT otrzymamy tę fakturę jako fakturę ustrukturyzowaną za pomocą KSeF (z zastrzeżeniem tzw. trybów offline).

Podstawa prawna

• Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (tj. Dz. U. z 2025 r., poz. 775).
• Ustawa z dnia 16 czerwca 2023 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2023 r., poz. 1598) – nowelizacja KSeF z 16 czerwca 2023 r.
• Ustawa z dnia 9 maja 2024 r. zmieniająca ustawę o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2024 r., poz. 852).
• Ustawa z dnia 5 sierpnia 2025 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz ustawy o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2025 r., poz. 1203) – nowelizacja KSeF z 5 sierpnia 2025 r.